1. Togakure Ryu Ninjutsu – Esta é talvez o mais famoso estilo de Ninjutsu praticado na atualidade e dos poucos existentes.Esta escola foi fundada no principio do século XII por Togakure Daisuke.Esta escola é famosa pelo uso de armas como o Shuriken os Shukos. Togakure ryu utiliza técnicas de manipulação e intimidação mental. Esta escola é especialista também em Koshijutsu e Dakentaijutsu.
  2. Gyokko Ryu Koshijutsu – Esta escola foi fundada em meados do século XII por Tozawa Hakunnsai. Pensa-se que esta escola teve sua origem na China no Século IX. A especialidade desta escola é o Koshijutsu que utiliza técnicas de ataque aos pontos vitais e órgãos. Esta escola tem uma forte ligação com o Kenpo Chinês. Esta escola é a mais antiga do sistema da Bujinkan e é a base de muitas artes marciais de Bujutsu e Ninjutsu da região de Iga.
  3. Kukishinden Ryu Happo Hikenjutsu – Foi fundada por meados do século XIII Izumo Kanja.Esta escola é uma escola basicamente de guerra e utiliza diversas armas, é famosa pelo uso de Naguinata ( Alabarda ), Yiari ( lança ), Bo ( Bastão ),Shuriken ( laminas de amandar ), mas a sua especialidade era mesmo no uso da espada.
  4. Shinden Fudo Ryu Dakentaijutsu – Esta escola foi fundada no principio do século XII por Izumo Kanja. A especialidade desta escola é o Dakentaijutsu. Nesta escola utiliza-se somente os princípios da natureza , como tal não existe posições.
  5. Gyokushin Ryu Ninjutsu – Esta escola foi fundada no século XV por Sasaki Orouemon Akiyari. Gyokushin e conhecido pelo uso de Nagenawa ( laço ).
  6. Koto Ryu Koppojutsu – Foi fundada no século XVI por Toda Sakyo. A especialidade desta escola e o Koppojutsu técnicas para partir ossos e Kyusho pontos de pressão. Esta escola utiliza uma técnica de espada pouco usual, maguetsu no kamae.
  7. Gikan Ryu Koppojutsu – Foi fundada em meados do século XV por Sasaki Orouemon Akiyari. A especialidade desta escola e o Koppojutsu. Esta escola utiliza também técnicas de koshijutsu.
  8. Takagi Yoshin Ryu Jutaijutsu – Foi fundada no século XVI por Takagi Oriemon Shigenobu. A especialidade desta escola e o Jutaijutsu , técnicas eficazes e rápidas de projeções , imobilizações , chaves , e estrangulamentos. Este estilo utiliza também técnicas de fuga.
  9. Kumogakure Ryu Ninjutsu – Esta escola foi fundada em meados do século XV por Iga Heinaizaemon. Esta escola é famosa pelo uso de mascaras demoníacas para assustar o inimigo , e também pelo uso de Kamayari ( corrente e foice ). Kumogakure ryu é especialista em técnicas de salto , e também é especialista em técnicas de sobrevivência.